Se tiene conocimiento de que los primeros pobladores de esta región fueron descendientes de la raza azteca, quienes aprovecharon la sal de las marismas, la caza y la pesca y se establecieron fundando un poblado de nombre Ahuchén.
Los pobladores de Ahuchén abrumados por los mosquitos que trasmitían fiebre, la tierra salitrosa y el constante asedio de los piratas, se trasladaron a otro lugar al sur, y fundaron una comunidad que llamaron “Pueblo Viejo”. Sin embargo, pronto se vieron en la necesidad de volver a emigrar por los constantes ataques de bandoleros. A poca distancia encontraron un lugar con mayor seguridad y formaron un nuevo pueblo que llamaron Izquinapa.
En 1602 había 20 vecinos en el poblado de Izquinapa hoy Escuinapa, pero no se registran sus nombres.
La división territorial de Sinaloa en tres provincias Sinaloa, Culiacán y Chametla, no se modificó hasta la primera mitad del siglo XVIII en que la última, con cabecera en el Real del Rosario, se subdivide para formar dentro de su jurisdicción, otras dos: la provincia de San José de Copala, con cabecera en San Sebastián, la de Mayola, con cabecera en la población de su nombre, y la provincia de Rosario, con cabecera en ese Real de Minas, a la cual pertenecían los poblados de Escuinapa y Chametla.
El sistema de intendencias implantado en 1786 cambia la denominación de provincias por departamentos.
La Intendencia de Arizpe, formada por Sonora y Sinaloa, se divide internamente en subdelegaciones, quedando ocho en Sinaloa: Álamos, El Fuerte y Sinaloa, que formaron el departamento de El Fuerte, Culiacán y Cosalá integraron el departamento de Culiacán; Copala, Maloya y Rosario, el departamento de San Sebastián, a este último pertenecía Escuinapa.
La Constitución de Cádiz en el artículo 310, contempla la instalación de los ayuntamientos en poblaciones que tuvieran más de mil habitantes.
En 1814 Fernando VII deroga la Constitución, pero se vuelve a reinstalar en 1820; a partir de este momento se instalan los primeros ayuntamientos en Sinaloa.
La separación de Sonora y Sinaloa en 1823 no afectó en absoluto la división interna del territorio sinaloense el cual había permanecido sin alteraciones desde 1786. Sin embargo, en 1824 la federación decreta una nueva forma de gobierno y establece el Estado Interno de Occidente, formado con la unión de los actuales estados de Sonora y Sinaloa.
La Constitución Política del Estado de Occidente divide internamente en cinco departamentos al estado, quedando dentro de Sinaloa tres de ellos: departamento de El Fuerte, compuesto por el partido de su nombre, el de Álamos y el de Sinaloa; el departamento de Culiacán, que comprendía el partido de su nombre y el de Cosalá; y el departamento de San Sebastián, compuesto por el partido de su nombre, el de San Ignacio de Piaxtla y el partido de Rosario, al que continuaba perteneciendo Escuinapa. La Constitución del Estado de Occidente contemplaba para su gobierno interior, la instalación de ayuntamientos en cada cabecera de partido y en los pueblos que tuvieran tres mil habitantes.
En 1830 se decreta la separación definitiva de Sonora y Sinaloa y se forman dos entidades federativas. El estado de Sinaloa se dividió en once distritos con sus respectivos partidos. Escuinapa quedó bajo la jurisdicción del distrito de Rosario.
Con la Ley de Municipalidades de 1861, se subdividen los ayuntamientos en alcaldías o juecías mayores, y se instalan las prefecturas suprimiendo las jefaturas políticas. En 1868 Escuinapa era uno de los tres ayuntamientos que conformaban el distrito de Rosario, teniendo bajo su administración la alcaldía de su nombre. Ya en 1870, la municipalidad de Escuinapa contaba con dos alcaldías, la de su nombre que estaba formada por las celadurías del Palmito y la Agachada, con cabecera en la Villa de Escuinapa y la otra en La Concepción, formada con el pueblo de ese nombre y sin celaduría. La población de la municipalidad se estimaba entonces en 3,413 habitantes.
En 1912 se aprueba la Ley núm. 21 sobre la creación de municipalidades como forma interna del gobierno estatal, pero es hasta 1915 en que se suprimen las directorías políticas, cuando se erigen los primeros once municipios libres, siendo Escuinapa uno de ellos, creado por Decreto del 7 de septiembre de 1915 y ratificada su categoría en la Constitución de 1917.